化肥的養分單一，含量高，肥效快，但延續時間短；有機肥養分齊全，肥效悠長，可改良泥土，培肥地力。二者混用，可舍短取長，全面供給作物生長所需養分，增進作物茁壯生長，提高增產效益。

化肥溶解快，溶解度大，施入泥土后，泥土溶液濃度一時會很快增高，造成作物較高的浸透壓，影響作物對養分和水分的吸收，增長了養分的散失和機會。

有機肥和化肥混雜使用，能夠抑制泥土溶液陡然增高的弊病，同時，有機肥能夠改良作物對養分的吸收條件，提高泥土蓄水保肥能力，避免和減少化肥養分的散失，提高化肥利用率。

化肥施入泥土后，有些養分會被泥土吸收，鰲合或固定，肥效下降。如過磷酸鈣和鈣鎂磷肥直接施入泥土，容易同泥土中的鐵、鋁、鈣等元素聯結，生成難溶性的磷酸物而被固定，造成有效養分喪失。若與有機肥混雜施用，不僅可減少與泥土接觸面，減少泥土與化肥的固定機會，而且可使磷肥中那些難溶性的磷轉化成作物能利用的有效磷，提高磷肥的肥效。

長期單施化肥會被損壞泥土的團粒結構，造成泥土粘重板結，下降耕作性能和供肥性能。有機肥含有豐盛的有機質，可活化蓬松泥土，下降容量；可改良泥土的水、肥、氣、熱等理化性狀；調節酸堿度。二者混用，既可提高產量，又可增進農業的可延續性發展。

有機肥和化肥混合搭配，可以減少化肥施用量30%—50%，一方面從化肥使用量減少對土地污染，另一方面則是因部分有機肥可以降解土壤中化肥農藥殘留。

有機肥是微生物生活的能源，化肥是微生物生長的無機營養，二者混用增進微生物活動，進而增進有機肥的分解，產生大批二氧化碳和有機酸，有助于泥土中難溶性養分溶解，供給作物吸收。二氧化碳能增長作物的碳素營養，提高光合效率。微生物生命短暫，死亡后即分解析放出養分，供作物吸收利用。